3月31日东航集体返航事件闹得沸沸扬扬，但事件发生之后，飞行员意外地和航空公司形成高度一致，开始均称返航是因为“天气原因”。直到民航总局派出调查组进驻昆明，社会开始广泛关注这一事件，关于“天气”的托辞才难以敷衍下去。《中国新闻周刊》记者在上海东航总部追问了3天返航真相，对方不愿做任何答复。4月7日，东航首次承认，云南分公司返航的部分航班存在人为因素，并称已对涉嫌当事人实施停飞和调查处理。

　　2004年民航总局给中国的第一批民营航空公司颁发了“准生证”，标志着中国民航开启了国有资本、地方资本和民营资本的“三元竞争时代”。而与此同时，国家并没将飞行员的培养制度纳入市场化操作的日程，从而导致民营企业除了从国有企业挖人手段以外，难以获得民航业运营经验的中高级管理人才。由于培养飞行员是一项资本、时间和技术密集型的系统性工程，加之中国民航快速发展带来的飞机总数的激增，中国民航未来20年的飞行员需求将达到4万人。而目前，全国仅有1万多名飞行员，缺口相当大，这也让飞行员人数不足的更为突出。飞行员跳槽高峰实际早于2004年就初露端倪。2004年6月，海航集团控股的中国新华航空公司14名飞行员向公司提出辞职，与海航解约后加入奥凯航空公司；2004年7月至10月，国航西南分公司先后有5名飞行员辞职，并于第二年加盟了某民营航空公司；另据不完全统计，2005年11月至2007年8月期间，东航共有三四十名飞行员辞职。由此，2004年出现了第一股民航管理人员从“国字号”向“民字号”企业流动的浪潮。目前，各民营航空公司的核心运营管理团队无一不是来自国有航空公司，随之而来的就是争夺民航最核心资源——飞行员。

　　在东航内部云南分公司与上海总公司相比，员工劳动强度大，效益好但分配工资比总部低。从2002年云南航空公司被东航兼并后，10年来，原云南航空公司员工工资基本没有上调。合并后的云南分公司与上海总部以及其他分公司实行统一的财务核算，将盈利的钱拿去补贴总公司和其他分公司的亏损。 一位飞机维修人员在接受《中国新闻周刊》采访时也表示，分公司岗位级别往往比总公司人员低。尽管云南分公司盈利，拿到手的工资还是比亏损的总公司人员低。大量的付出得不到相应的回报，加上东航其他子公司高管贪污丑闻频传，使云南分公司人员的不满情绪日益加重。

　　云南分公司的飞行员和东航的其他分公司的收入相比，他们的收入都处于较低位置。其他航空公司飞云南高原特殊机场的航班均得到了很高的风险补贴，而云南分公司的飞行员通过种种的渠道向公司领导层反映要求提高待遇，却一直未得到解决。

　　多数东航员工认为，事件最直接的导火索是税收问题。《南方都市报》拿到的东航云南分公司党委给民航云南安监办的报告上说，从2003年开始，空勤人员的基本工资与飞行小时费分开纳税，按8%的税率核定计算缴纳个税。但从2006年，云南地税局开始要求公司“必须将飞行小时费并入工资薪金一并计算个税，并3次下达整改通知”，后经双方协调，2006年不再补税，但是，2007年的空勤人员小时费则要求在2008年3月31日前申报，4月7日前补缴。如此算来，飞行员的个税将比以前多缴纳1万～7万元不等。据相关人士透露同样是东航，云南的要上20%-30%，而上海的却少得多，云南分公司的高层是从上海总部调来的，他们的税在上海缴。这更激化了云南分公司员工的不满情绪。

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